Οι ίδιοι τύποι του HPV που μολύνουν τις γεννητικές περιοχές μπορεί να μολύνουν στόμα και λαιμό.
Ορισμένοι τύποι του HPV στόματος μπορούν να προκαλέσουν καρκίνους της περιοχής κεφαλής και τραχήλου. Άλλοι τύποι του HPV στόματος μπορεί να προκαλέσουν κονδυλώματα σε στόμα, λαιμό και γλώσσα. Το κάπνισμα είναι παράγοντας κινδύνου γιατί η εισπνοή του καπνού μειώνει την προστασία βλεννογόνου και το στόμα γίνεται πιο ευαίσθητο στις μολύνσεις.
Διεθνή επιδημιολογικά στοιχεία για τον καρκίνο στόματος και φάρυγγα, τον κατατάσσουν στην έκτη θέση με αυξητική τάση, ιδιαίτερα στις νεότερες ηλικίες. Κάπνισμα και αλκοόλ ενοχοποιούνται σαν παράγοντες κινδύνου, όπως και η μόλυνση με τον ιό HPV. Οι ασθενείς κινητοποιούνται σε προχωρημένα στάδια, ίσως γιατί δεν αντιλαμβάνονται τον κίνδυνο ή δεν είναι ευαισθητοποιημένοι ν’ αναγνωρίσουν το πρόβλημα στην αρχή του. Τα στοιχεία δείχνουν ότι σε πάνω από τους μισούς, ο καρκίνος του στοματοφάρυγγα επηρεάζει σοβαρά και άμεσα την ποιότητα της ζωής μας και αποβαίνει μοιραίος γιατί διαγιγνώσκεται σε προχωρημένα στάδια.
Αν στο στόμα υπάρχουν κονδυλώματα που οφείλονται σε HPV, τότε ο ΩΡΛ χειρουργός μπορεί να τα αφαιρέσει με τοπική ή γενική αναισθησία. Η θεραπεία των κονδυλωμάτων στόματος με τοπικές θεραπείες μπορεί να είναι δύσκολη επειδή οι υποτροπές είναι δυστυχώς πολύ συχνές.